上海中醫藥大學創立于1956年，是新中國誕生后國家首批建立的四所中醫藥高等院校之一。1993年，上海中醫學院更名為上海中醫藥大學，成為國內最早更名為大學的中醫藥院校之一。2000年，原上海醫學高等專科學校并入我校。2003年，為實施上海市高校布局調整規劃，學校整體搬遷至浦東張江高科技園區，成為“張江藥谷”的重要組成部分。

目前，全日制在校學生總數7429人，其中本科生3919人，高職高專學生761人，研究生1508人，港澳臺學生及留學生984人。另外，學校目前已與14個國家和地區建立了合作關系，有來自日、韓、俄、法、英、美、德、意等30余個國家和地區的短期培訓留學生每年近1000余人次。

學校設有基礎醫學院、中藥學院、針灸推拿學院、護理學院、醫學技術學院、康復醫學院等20個二級學院及部、中心；擁有龍華醫院、曙光醫院、岳陽中西醫結合醫院、上海市中醫醫院、普陀醫院5所附屬醫院，累計床位數4300余張，年門診量達1000余萬人次。學校擁有19家醫教研聯合體醫院，18個附屬及共建研究所，13個研究中心。

學校擁有中醫學、中藥學、中西醫結合醫學3個一級學科博士學位授予權，15個博士點，23個碩士點，3個博士后流動站，博士學位授予專業覆蓋全部中醫藥學科；有本、專科專業（方向）29個；教育部特色專業建設點2個。

現有國家重點學科4個、國家重點（培育）學科2個、國家中醫藥管理局重點學科38個、第一批上海市重點學科2個、第二批上海市重點學科中優勢學科2個、特色學科5個、第三批上海市重點學科4個、上海市一流學科4個，上海市臨床醫學中心4個、上海市醫學重點學科3個。

學校于1999 年順利通過了首批教育部本科教學工作優秀評估（試點），2007年在教育部新一輪本科教學工作水平評估中獲得優秀，2008年順利通過中醫學試點認證。在2009年教育部學科評估中，我校中藥學、中醫學學科排名分列全國第一、第二位。在2012年教育部學科評估中，我校中藥學、中醫學、中西醫結合學科排名分列全國第一，第二、第三位。

學校是國家大學生文化素質教育基地、國家理科基礎研究和教學人才培養基地、中國大學生武術訓練基地、全國大學生ＫＡB創業教育基地，是為數不多的同時擁有四個人才培養基地的高校之一。

50多年來，學校名醫薈萃、人才輩出。建校之初，一大批聞名上海的名醫大家紛紛投身于學校的教學和臨床工作，為上海中醫藥事業的傳承與發揚奠定了厚實的基礎。歷經半個多世紀洗禮，被列為國家中醫藥管理局第五批全國名老中醫繼承班導師的有24人，上海市人民政府命名的“上海市名中醫”中，90%以上為我校畢業或在本校系統工作的著名專家。

學校堅持“不重其全，重其優；不重其大，重其特；不重其名，重其實”的辦學理念，以“研究教學型、特色型和外向型”為辦學定位，全校師生朝著“全國一流、世界著名的中醫藥大學”辦學目標共同前進。